Bonnie reist mit Ash Ketchum, Serena und ihrem Bruder Clemont während der Ereignisse rund um Volcanion und Magearna. Sie ist anwesend, als Volcanion in der Nähe ihres Camps abstürzt und eine Verbindung zu Ash eingeht, wobei sie die erste Begegnung und die anschließende Bindung beobachtet. Bonnie begleitet die Gruppe ins Königreich Azoth, wo sie die Rettung von Magearna miterlebt und sich nach deren Bergung gemeinsam mit Serena und Clemont für das künstliche Pokémon begeistert. Sie reist zum Nebel-Plateau und bleibt trotz Volcanions anfänglichem Misstrauen bei der Gruppe. Während ihres Aufenthalts auf dem Nebel-Plateau hilft Bonnie dabei, die dort lebenden Pokémon zu unterstützen und fördert das Vertrauen zwischen den Menschen und den zuvor misshandelten Pokémon. Nach Alvas Niederlage und Magearnas Wiederherstellung kehrt Bonnie mit Ash, Serena, Clemont, Prinzessin Kimia und Prinz Raleigh ins Königreich Azoth zurück. In einer Post-Credit-Szene im Königreich macht Bonnie Flamel, der persönlichen Assistentin von Prinzessin Kimia, einen Heiratsantrag, angeblich in Clemonts Namen, der jedoch mit seiner Aipom-Arm-Erfindung eingreift, sie zurückzieht und den Antrag verhindert.

Bonnie