In "Pokémon der Film: Volcanion und das mechanische Wunderwerk" reist Ash Ketchum mit seinen Freunden Pikachu, Bonnie und Clemont in die Stadt Nebelburg, eine technologisch fortschrittliche Metropole, die von einer riesigen mechanischen Konstruktion namens "Magearna" dominiert wird. Magearna, ein mysteriöses mechanisches Pokémon, wurde vor Jahrhunderten erschaffen und besitzt die Fähigkeit, die Seele eines Pokémon zu erfassen und zu speichern. Die Stadt wird von Prinzessin Ilene regiert, die Magearna als Schatz ihrer Familie betrachtet.

Während ihrer Reise begegnen Ash und seine Freunde Volcanion, einem mächtigen und stolzen Pokémon, das die Natur schützt und Menschen gegenüber misstrauisch ist. Volcanion ist auf der Suche nach Magearna, die von einem skrupellosen Wissenschaftler namens Dr. Leucht entführt wurde. Dr. Leucht plant, Magearnas Energie zu nutzen, um eine mächtige Waffe zu erschaffen, die er zur Kontrolle über die Welt einsetzen will. Volcanion sieht Ash zunächst als Feind an, doch nachdem Ash ihm hilft, sich von einer Falle zu befreien, bilden sie eine ungewöhnliche Allianz.

Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass Magearna nicht nur eine mechanische Kreatur ist, sondern auch über eine Seele verfügt, die von ihrem Schöpfer, einem alten König, eingefügt wurde. Magearna ist in der Lage, Emotionen zu empfinden und entwickelt eine enge Bindung zu Bonnie. Diese emotionale Verbindung spielt eine entscheidende Rolle, als Ash und seine Freunde versuchen, Magearna aus den Händen von Dr. Leucht zu retten.

Der Höhepunkt der Handlung spielt sich in Dr. Leuchts Labor ab, wo er versucht, Magearnas Energie zu extrahieren. Ash, Volcanion und ihre Freunde kämpfen gegen Dr. Leucht und seine mechanischen Kreationen, um Magearna zu befreien und die Zerstörung der Stadt zu verhindern. Volcanion opfert sich schließlich, um die Waffe zu zerstören, wird aber durch Magearnas magische Kräfte gerettet. Am Ende kehrt Magearna in die Obhut von Prinzessin Ilene zurück, während Volcanion beschließt, weiterhin die Natur zu schützen, jedoch mit einem neuen Vertrauen in die Menschheit.