"Yu-Gi-Oh! Arc-V (Manga)" ist eine eigenständige Adaption des gleichnamigen Anime, die jedoch eine eigene Handlung und Charakterentwicklung bietet. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der Duell-Monster durch fortschrittliche Technologie zum Leben erweckt werden können. Der Protagonist, Yuya Sakaki, ist ein junger Duellant, der versucht, den Geist des Entertainments in seine Kämpfe zu integrieren. Sein Ziel ist es, die Menschen mit seinen Duellen zu begeistern und Freude zu verbreiten.

Yuya entdeckt früh in der Handlung, dass er in der Lage ist, eine einzigartige Beschwörungsmethode namens "Pendelbeschwörung" zu nutzen, die ihm einen Vorteil in seinen Duellen verschafft. Diese Fähigkeit zieht die Aufmerksamkeit verschiedener Organisationen und Individuen auf sich, darunter auch die mysteriöse Leo Corporation, die hinter den Kulissen an einem ehrgeizigen Projekt arbeitet. Im Laufe der Geschichte wird Yuya in eine Reihe von Konflikten verwickelt, die über einfache Duell-Turniere hinausgehen.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Existenz von Parallelwelten, die jeweils von unterschiedlichen Versionen der Hauptcharaktere bewohnt werden. Yuya trifft auf seine Gegenstücke aus diesen Welten – Yuto, Yugo und Yuri –, die jeweils ihre eigenen Motive und Ziele verfolgen. Diese Begegnungen führen zu komplexen Dynamiken und Konflikten, da die Charaktere sowohl miteinander als auch gegeneinander kämpfen müssen. Die Handlung erforscht Themen wie Identität, Schicksal und die Macht der Entscheidungen, während Yuya versucht, seine eigene Rolle in diesem größeren Konflikt zu verstehen.

Die Charaktere sind vielfältig und haben unterschiedliche Hintergründe und Motivationen. Neben Yuya spielen seine Freunde und Rivalen eine wichtige Rolle, darunter Sora Shiunin, ein talentierter Duellant mit einer dunklen Vergangenheit, und Reiji Akaba, der Sohn des Leiters der Leo Corporation, der sowohl Verbündeter als auch Gegner Yuya sein kann. Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus intensiven Duellen, politischen Intrigen und persönlichen Konflikten, die die Charaktere vor moralische und strategische Herausforderungen stellen.

Die Geschichte erreicht ihren Höhepunkt in einem epischen Konflikt, der die Schicksale aller Welten und Charaktere miteinander verknüpft. Yuya muss nicht nur seine Fähigkeiten als Duellant unter Beweis stellen, sondern auch seine Überzeugungen und Werte verteidigen, während er versucht, eine Lösung für die drohende Zerstörung der Welten zu finden. Die Handlung endet mit einer Auflösung, die sowohl die persönlichen Entwicklungen der Charaktere als auch die größeren Konflikte berücksichtigt.