"Appleseed" ist eine Manga-Serie, die in einer postapokalyptischen Zukunft spielt, in der die Welt durch einen globalen Konflikt, bekannt als der "Nicht-Nukleare Krieg", verwüstet wurde. Die Handlung konzentriert sich auf die Stadt Olympus, eine utopische Metropole, die von einer künstlichen Intelligenz namens Gaia und einem kollektiven Regierungssystem, bestehend aus Menschen und Bioroiden, verwaltet wird. Bioroiden sind genetisch konstruierte Wesen, die geschaffen wurden, um die Gesellschaft zu stabilisieren, da sie weniger emotionale Extreme aufweisen als Menschen.

Die Protagonistin Deunan Knute, eine ehemalige Soldatin, und ihr Partner Briareos, ein Cyborg und ebenfalls ehemaliger Soldat, arbeiten für die ESWAT, eine Spezialeinheit, die für die Sicherheit von Olympus verantwortlich ist. Deunan ist eine erfahrene Kämpferin, die sich in einer Welt voller technologischer Fortschritte und ethischer Dilemmata zurechtfinden muss. Briareos, der nach schweren Verletzungen im Krieg zu einem Cyborg umgebaut wurde, verkörpert die Verschmelzung von Mensch und Maschine, ein zentrales Thema der Serie.

Die Handlung erkundet die Spannungen zwischen Menschen und Bioroiden sowie die moralischen und politischen Herausforderungen, die sich aus der Koexistenz beider Gruppen ergeben. Gaia, die künstliche Intelligenz, spielt eine entscheidende Rolle bei der Aufrechterhaltung des Gleichgewichts, doch ihre Entscheidungen und die Macht, die sie ausübt, werden zunehmend in Frage gestellt. Verschiedene Fraktionen innerhalb von Olympus, darunter Terroristen und politische Gruppierungen, versuchen, das fragile Gleichgewicht zu stören, was zu Konflikten und Intrigen führt.

Die Serie behandelt Themen wie die Auswirkungen von Technologie auf die Gesellschaft, die Natur der Menschlichkeit und die ethischen Implikationen von künstlicher Intelligenz und genetischer Manipulation. Die Handlung ist geprägt von Action, politischen Intrigen und philosophischen Fragestellungen, die die Charaktere und ihre Entscheidungen prägen. Deunan und Briareos stehen oft im Mittelpunkt dieser Konflikte, während sie versuchen, ihre eigene Identität und ihre Beziehung zueinander in einer sich ständig verändernden Welt zu bewahren.