"Magia Record: Puella Magi Madoka Magica Side Story" ist ein Manga, der im Universum der bekannten Serie "Puella Magi Madoka Magica" angesiedelt ist. Die Handlung spielt in der fiktiven Stadt Kamihama, die von einer mysteriösen Kraft beeinflusst wird, die Magische Mädchen anzieht. Die Protagonistin, Iroha Tamaki, ist ein Magisches Mädchen, das auf der Suche nach ihrer verschwundenen kleinen Schwester Ui ist. Iroha wird von Erinnerungen an ihre Schwester geplagt, die scheinbar niemand außer ihr kennt, und begibt sich nach Kamihama, um Antworten zu finden.

In Kamihama trifft Iroha auf andere Magische Mädchen, darunter Yachiyo Nanami, eine erfahrene Magierin, die die Stadt und ihre Geheimnisse gut kennt. Yachiyo ist zunächst misstrauisch gegenüber Iroha, schließt sich ihr aber schließlich an, um die Wahrheit hinter den seltsamen Ereignissen in Kamihama aufzudecken. Zusammen mit weiteren Magischen Mädchen wie Tsuruno Yui, Felicia Mitsuki und Sana Futaba bilden sie eine Gruppe, die gegen die Bedrohungen der Stadt kämpft.

Die Stadt Kamihama ist Schauplatz zahlreicher mysteriöser Phänomene, darunter das Auftauchen von "Uwasa", Wesen, die aus Gerüchten entstehen und Magische Mädchen in gefährliche Situationen bringen. Die Gruppe entdeckt, dass Kamihama ein Ort ist, an dem Magische Mädchen ihre Schicksale ändern können, was jedoch mit großen Risiken verbunden ist. Im Laufe der Geschichte werden die Hintergründe der Uwasa, die Rolle der Stadt und die Verbindungen zwischen den Charakteren nach und nach enthüllt.

Irohas Suche nach ihrer Schwester führt sie tiefer in die Geheimnisse von Kamihama hinein, während sie gleichzeitig mit den moralischen Dilemmata und den Konsequenzen ihrer Entscheidungen als Magisches Mädchen konfrontiert wird. Die Handlung erforscht Themen wie Opferbereitschaft, Identität und die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren, während sie sich den Herausforderungen stellen, die das Leben als Magisches Mädchen mit sich bringt.