"Chobits" ist eine Manga-Serie, die von der Beziehung zwischen Menschen und sogenannten Persocoms, humanoiden Computern, handelt. Die Geschichte spielt in einer nahen Zukunft, in der Persocoms alltäglich sind und als persönliche Assistenten, Freunde oder sogar Partner dienen. Der Protagonist, Hideki Motosuwa, ist ein junger Mann vom Land, der in die Stadt zieht, um sich auf die Aufnahmeprüfung für die Universität vorzubereiten. Als er eines Tages einen weggeworfenen Persocom findet, nimmt er ihn mit nach Hause. Der Persocom stellt sich als ein einzigartiges Modell namens Chii heraus, das keine vorinstallierte Software besitzt und zunächst wie ein kleines Kind wirkt, das alles erst lernen muss.

Chii entwickelt sich im Laufe der Serie weiter und zeigt ungewöhnliche Fähigkeiten, die sie von anderen Persocoms unterscheiden. Hideki versucht, ihr bei der Anpassung an die menschliche Welt zu helfen, während er gleichzeitig mehr über ihre Herkunft und die Geheimnisse hinter ihrer Existenz erfahren möchte. Parallel dazu wird die Beziehung zwischen Hideki und Chii immer komplexer, da sich emotionale Bindungen entwickeln, die die Grenzen zwischen Mensch und Maschine verschwimmen lassen.

Neben Hideki und Chii spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Hidekis Nachbarin und Freundin Shimbo, die selbst einen Persocom besitzt, sowie der mysteriöse Freelancer Minoru Kokubunji, der sich für Chii zu interessieren scheint. Die Serie thematisiert Fragen nach der Natur von Bewusstsein, Liebe und Identität, insbesondere in einer Welt, in der Technologie und Menschlichkeit zunehmend verschmelzen.

Die Handlung wird durch eine Reihe von Nebenhandlungen und Rückblenden ergänzt, die mehr über die Entstehung der Persocoms und die Hintergründe von Chii enthüllen. Dabei wird auch die Existenz von Legenden über spezielle Persocoms, die "Chobits", thematisiert, die angeblich über ein eigenes Bewusstsein verfügen und in der Lage sind, menschliche Emotionen zu empfinden. Die Serie endet mit einer Auflösung der Geheimnisse um Chii und einer Reflexion über die Zukunft der Beziehungen zwischen Menschen und Maschinen.