Die Anime-Serie "Aquarion" spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der die Menschheit nach einer verheerenden Katastrophe, bekannt als der "Große Kataklysmus", ums Überleben kämpft. Die Erde wurde durch die Zerstörung in zwei Teile gespalten: die Oberwelt, in der die Menschen leben, und die Unterwelt, die von mysteriösen Kreaturen namens Schattenengel bewohnt wird. Diese Schattenengel entführen Menschen, um deren Lebensenergie, genannt "Prana", zu stehlen und so ihre eigene Existenz zu sichern.

Um sich gegen die Bedrohung durch die Schattenengel zu wehren, gründet die Organisation DEAVA (Divine Earthguard Army Vanguard) eine spezielle Einheit, die mit riesigen mechanischen Kampfrobotern, den "Vektormaschinen", ausgestattet ist. Diese Maschinen können sich zu einem mächtigen Roboter namens "Aquarion" kombinieren, der als letzte Hoffnung der Menschheit gilt. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe junger Piloten, die für DEAVA rekrutiert werden, darunter der Protagonist Apollo, ein impulsiver und ungestümer Junge mit einer rätselhaften Vergangenheit, und Silvia de Alisia, eine disziplinierte und stolze Pilotin, die eine tiefe Verbindung zu Apollo entwickelt.

Die Serie erforscht die Beziehungen und Konflikte zwischen den Charakteren, während sie gegen die Schattenengel kämpfen. Dabei wird die Mythologie der Welt nach und nach enthüllt, einschließlich der Legende des "Solar Aquarion", eines legendären Roboters, der vor 12.000 Jahren existiert haben soll. Die Handlung wird durch Themen wie Schicksal, Wiedergeburt und die Suche nach Identität geprägt, wobei die Vergangenheit der Charaktere eng mit den Ereignissen der Gegenwart verflochten ist.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass Apollo möglicherweise die Reinkarnation eines legendären Helden ist, der vor Jahrtausenden gegen die Schattenengel kämpfte. Gleichzeitig wird die wahre Natur der Schattenengel und ihre Verbindung zur Menschheit immer klarer, was zu einer komplexen und emotional aufgeladenen Konfrontation führt. Die Serie verbindet actionreiche Kampfszenen mit tiefgründigen Charakterstudien und mythologischen Elementen, die die Handlung vorantreiben.