"Aquarion Logos" ist eine Anime-Serie, die in einer Welt spielt, in der die menschliche Sprache durch die sogenannten "MJP" (Multi-Dimensional-Jargon-Particles) manipuliert wird. Diese Partikel haben die Fähigkeit, Realität zu verändern, indem sie Wörter und Bedeutungen verdrehen, was zu Chaos und Zerstörung führt. Um dieser Bedrohung entgegenzuwirken, wurde die Organisation DEAVA (Divine Earthguard Alliance Vanguard Agency) gegründet, die über spezielle Mechs namens "Aquaria" verfügt. Diese Maschinen können sich zu einem mächtigen Roboter, dem Aquarion, kombinieren.

Die Handlung konzentriert sich auf Akira Kaibuki, einen jungen Schriftsteller, der die Fähigkeit besitzt, die wahre Bedeutung von Wörtern zu erkennen und zu entziffern. Akira wird von DEAVA rekrutiert, nachdem er versehentlich in einen Kampf gegen die MJP-verursachten Bedrohungen gerät. Zusammen mit anderen Piloten, darunter die entschlossene Maia Tsukigane und der ruhige Subete Amato, kämpft Akira gegen die MJP und ihre Schöpfer, die als "Creators" bekannt sind. Diese Creators sind mysteriöse Wesen, die die Sprache manipulieren, um die Realität zu ihrem Vorteil zu verändern.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Sprache, Bedeutung und Realität erforscht, während die Charaktere mit ihren eigenen inneren Konflikten und der Frage, was Wörter wirklich bedeuten, konfrontiert werden. Akira entwickelt sich von einem zurückhaltenden Einzelgänger zu einem entscheidenden Mitglied des Teams, das die Welt vor der Zerstörung durch die MJP retten muss. Die Serie verbindet Action, Science-Fiction und philosophische Themen, wobei die Kämpfe zwischen den Aquaria und den MJP-verursachten Bedrohungen im Mittelpunkt stehen.

Die Charaktere müssen nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch ihre eigenen Ängste und Unsicherheiten überwinden, um die wahre Kraft des Aquarion zu entfalten. Die Serie endet mit einem finalen Konflikt, der die Zukunft der Menschheit und die Bedeutung der Sprache selbst in Frage stellt.