"Aquarion" ist ein Anime-Film, der auf der gleichnamigen Serie basiert und eine eigenständige Geschichte erzählt. Die Handlung spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der die Menschheit nach einer Katastrophe namens "Großer Kollaps" ums Überleben kämpft. Die Erde wird von mysteriösen Kreaturen, den Shadow Angels, bedroht, die die Menschheit zu unterwerfen versuchen. Als Gegenwehr entwickelt die Organisation DEAVA den riesigen Mecha "Aquarion", der aus drei kleineren Einheiten besteht, die sich zu einer mächtigen Waffe kombinieren lassen.

Im Zentrum der Geschichte steht Apollo, ein junger, impulsiver Mann mit unerklärlichen Kräften, der in einer abgelegenen Region lebt. Als die Shadow Angels seine Heimat angreifen, wird er von DEAVA rekrutiert, um als Pilot für den Aquarion zu dienen. Apollo trifft auf Silvia de Alisia, eine disziplinierte und stolze Pilotin, und ihren Zwillingsbruder Sirius. Die drei bilden ein Team, das den Aquarion steuert, doch ihre unterschiedlichen Persönlichkeiten und Hintergründe führen zu Konflikten und Spannungen.

Während der Kampf gegen die Shadow Angels fortschreitet, enthüllt sich eine tiefere Verbindung zwischen Apollo und den Feinden. Es stellt sich heraus, dass Apollo die Reinkarnation eines legendären Kriegers ist, der vor 12.000 Jahren gegen die Shadow Angels kämpfte. Diese Offenbarung wirft Fragen über seine wahre Identität und seine Rolle im Schicksal der Menschheit auf. Gleichzeitig entwickelt sich eine komplexe Beziehung zwischen Apollo und Silvia, die von gegenseitiger Anziehung und Misstrauen geprägt ist.

Der Film erkundet Themen wie Schicksal, Wiedergeburt und die Macht der menschlichen Verbindung. Die Handlung ist geprägt von epischen Mechakämpfen, emotionalen Konflikten und mystischen Elementen, die die Grenzen zwischen Vergangenheit und Gegenwart verschwimmen lassen. Die Charaktere müssen sich nicht nur mit äußeren Bedrohungen auseinandersetzen, sondern auch mit ihren inneren Ängsten und Unsicherheiten, während sie versuchen, die Zukunft der Menschheit zu sichern.