In "Naruto Shippūden: Blood Prison" wird Naruto Uzumaki fälschlicherweise des Mordes an einem Jonin aus dem Dorf Kirigakure beschuldigt und in die Hōzuki-Gefängnisanlage, auch bekannt als "Blood Prison", gebracht. Diese Hochsicherheitsstrafanstalt ist berüchtigt dafür, dass niemand jemals entkommen konnte. Naruto wird seiner Ninja-Fähigkeiten beraubt und muss sich den harten Bedingungen des Gefängnisses stellen, einschließlich der brutalen Behandlung durch den Anstaltsleiter Mui und dessen Handlanger.

Im Gefängnis trifft Naruto auf andere Insassen, darunter den mysteriösen Ryūzetsu, der sich als Verbündeter erweist. Während Naruto versucht, sich an die Umstände anzupassen, entdeckt er, dass das Gefängnis Teil eines größeren Komplotts ist. Mui nutzt die Gefangenen, um ihre Chakra-Energie zu extrahieren und damit das legendäre Biest "Satori" zu beschwören, ein Wesen, das die Gedanken seiner Opfer lesen und ihre größten Ängste manifestieren kann. Naruto erfährt, dass er selbst ein Schlüsselelement in diesem Plan ist, da sein Chakra benötigt wird, um Satori vollständig zu erwecken.

Mit Hilfe von Ryūzetsu und anderen Gefangenen gelingt es Naruto, seine Fähigkeiten zurückzuerlangen und gegen Mui und dessen Pläne zu kämpfen. Im Verlauf der Ereignisse stellt sich heraus, dass Ryūzetsu eine Verbindung zu Narutos Vergangenheit hat und bereit ist, sich für ihn zu opfern, um das Biest aufzuhalten. Naruto konfrontiert Satori in einem epischen Kampf, bei dem er seine Willenskraft und seinen Glauben an seine Freunde und seine Mission als Ninja unter Beweis stellt.

Am Ende gelingt es Naruto, Satori zu besiegen und das Gefängnis zu zerstören, wodurch er seine Unschuld beweist und die wahren Absichten der Verantwortlichen aufdeckt. Der Film kombiniert Action, emotionale Tiefe und die charakteristische Entschlossenheit Narutos, sich niemals aufzugeben, selbst in den aussichtslosesten Situationen.