"Naruto Shippuden the Movie: Bonds" ist der zweite Film der Naruto-Shippuden-Reihe und spielt in der Zeit nach Narutos Rückkehr nach Konohagakure. Die Handlung beginnt mit einem Angriff auf das Dorf der Versteckten Blätter durch eine Gruppe von Ninja aus dem Land des Himmels. Diese Ninja nutzen fliegende Festungen und fortschrittliche Technologie, um ihre Angriffe auszuführen. Naruto Uzumaki und sein Team, darunter Sakura Haruno und Shikamaru Nara, werden beauftragt, die Bedrohung zu untersuchen und zu bekämpfen.

Während der Mission trifft Naruto auf Amaru, ein Mädchen, das von den Angreifern verfolgt wird. Amaru ist eng mit dem mysteriösen Doktor Shinnō verbunden, einem ehemaligen Einwohner des Landes des Himmels, der nun eine dunkle Agenda verfolgt. Shinnō hat eine mächtige Technik entwickelt, die es ihm ermöglicht, Chakra zu absorbieren und unbesiegbar zu werden. Er plant, diese Kraft zu nutzen, um Rache an den Fünf Großen Ninja-Nationen zu nehmen, die er für den Untergang seines Landes verantwortlich macht.

Naruto und Amaru schließen sich zusammen, um Shinnō aufzuhalten. Dabei wird deutlich, dass Amaru eine besondere Verbindung zu Shinnō hat, da sie einst seine Schülerin war. Die Handlung vertieft sich in die Themen von Rache, Vergebung und den Bindungen zwischen Menschen. Naruto, der selbst mit dem Gefühl der Einsamkeit und dem Verlangen nach Anerkennung kämpft, kann sich mit Amarus Situation identifizieren und versucht, sie davon zu überzeugen, dass Rache nicht der richtige Weg ist.

Der Höhepunkt des Films zeigt einen intensiven Kampf zwischen Naruto und Shinnō, bei dem Naruto seine Fähigkeiten und seinen Willen unter Beweis stellt. Mit der Hilfe seiner Freunde und der Unterstützung von Amaru gelingt es Naruto schließlich, Shinnō zu besiegen und dessen Pläne zu vereiteln. Der Film endet mit einer Reflexion über die Bedeutung von Bindungen und der Kraft, die sie den Menschen geben können, um über ihre eigenen Grenzen hinauszuwachsen.