In "Naruto Shippūden: The Will of Fire" wird die Geschichte in der Welt der Ninja erzählt, in der das Land des Feuers von einer mysteriösen Bedrohung heimgesucht wird. Verschiedene Ninja-Dörfer berichten von vermissten Shinobi, die scheinbar spurlos verschwinden. Die Handlung konzentriert sich auf das Team 7, bestehend aus Naruto Uzumaki, Sakura Haruno und Kakashi Hatake, sowie auf andere bekannte Charaktere wie Shikamaru Nara und Rock Lee. Als sich herausstellt, dass die vermissten Ninja in einem geheimen Labor gefangen gehalten werden, wird klar, dass ein gefährlicher Feind im Schatten agiert.

Der Antagonist, Hiruko, ein ehemaliger Shinobi des Landes des Feuers, hat es auf die Kekkei Genkai, die speziellen Blutlinienfähigkeiten der Ninja, abgesehen. Er entführt Ninja mit einzigartigen Fähigkeiten, um ihre Kräfte zu absorbieren und sich selbst unbesiegbar zu machen. Sein Ziel ist es, die Welt in einen endlosen Krieg zu stürzen, indem er die Balance zwischen den Nationen zerstört. Kakashi, der selbst ein Ziel von Hiruko ist, opfert sich scheinbar, um seine Schüler zu schützen, was Naruto und seine Freunde dazu treibt, alles zu tun, um ihn zu retten.

Die Handlung entwickelt sich zu einer Rettungsmission, bei der Naruto und seine Freunde gegen Hirukos mächtige Kräfte antreten müssen. Dabei werden Themen wie Opferbereitschaft, Zusammenhalt und der wahre Wille des Feuers, der die Ninja des Landes des Feuers antreibt, hervorgehoben. Die Charaktere müssen nicht nur ihre physischen Fähigkeiten, sondern auch ihre Entschlossenheit und ihren Glauben aneinander unter Beweis stellen, um die Bedrohung zu besiegen und die Welt vor dem Untergang zu bewahren.