"MF Ghost" spielt in einer nahen Zukunft, in der autonome Fahrzeuge die Straßen dominieren und traditionelle Verbrennungsmotoren selten geworden sind. In dieser Welt ist Motorsport zu einem exklusiven Event geworden, das nur noch in speziellen Rennserien wie der "MFG" (MF Ghost) stattfindet. Die Serie konzentriert sich auf Kanata Rivington, einen jungen Rennfahrer, der aus England nach Japan zurückkehrt, um an der MFG teilzunehmen. Kanata ist ein ehemaliger Schüler des legendären Rennfahrers Takumi Fujiwara, dessen Fähigkeiten und Techniken er geerbt hat.

Die MFG ist ein Straßenrennen, das auf öffentlichen Straßen in Japan ausgetragen wird und bei dem die Fahrer mit speziell modifizierten Sportwagen antreten. Die Rennen sind nicht nur eine Prüfung der Fahrkünste, sondern auch der Strategie und des Mutes, da die Strecken gefährlich und die Konkurrenz hart ist. Kanata tritt mit einem Toyota 86 an, einem Fahrzeug, das im Vergleich zu den hochmodernen Maschinen seiner Gegner als unterlegen gilt. Doch durch sein außergewöhnliches Talent und seine unkonventionelle Fahrweise gelingt es ihm, sich gegen die Konkurrenz zu behaupten.

Neben Kanata spielen mehrere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Ren Saionji, eine junge Frau, die als Navigatorin und Unterstützerin für Kanata fungiert. Sie ist die Tochter eines einflussreichen Unternehmers, der die MFG finanziell unterstützt, und hat ein persönliches Interesse daran, Kanatas Erfolg zu fördern. Weitere Charaktere sind die anderen Fahrer der MFG, die jeweils ihre eigenen Hintergründe und Motivationen haben, sowie Organisatoren und Fans, die die Rennserie begleiten.

Die Handlung entwickelt sich durch die verschiedenen Rennen, bei denen Kanata nicht nur gegen seine Gegner, sondern auch gegen seine eigenen Grenzen kämpft. Dabei werden Themen wie Tradition versus Fortschritt, die Bedeutung von Menschlichkeit in einer zunehmend technologisierten Welt und die Leidenschaft für den Motorsport behandelt. Die Serie bietet eine Mischung aus actiongeladenen Rennszenen, charakterbezogenen Entwicklungen und einem Blick auf die Zukunft des Automobilsports.