"Classroom of the Elite: Year 2" setzt die Geschichte der Schüler der Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School fort, einer Eliteeinrichtung, die darauf abzielt, die nächste Generation von Führungskräften auszubilden. Die Handlung konzentriert sich weiterhin auf Kiyotaka Ayanokōji, einen scheinbar durchschnittlichen Schüler, der jedoch über außergewöhnliche Fähigkeiten und ein mysteriöses Hintergrund verfügt. Ayanokōji bleibt in der Klasse 2-D, die als die schwächste der Schule gilt, und setzt seine Strategien fort, um im Hintergrund zu agieren und seine wahren Absichten zu verbergen.

Das zweite Jahr beginnt mit neuen Herausforderungen, da die Schule ein noch härteres und komplexeres Punktesystem einführt, das die Schüler dazu zwingt, sich in akademischen, sportlichen und sozialen Bereichen zu beweisen. Die Klassen müssen in verschiedenen Prüfungen und Wettbewerben gegeneinander antreten, wobei die Ergebnisse ihre Punktestände und damit ihre Zukunft an der Schule direkt beeinflussen. Ayanokōji nutzt seine analytischen Fähigkeiten, um die Schwächen und Stärken seiner Mitschüler zu erkennen und sie strategisch zu manipulieren, ohne dabei selbst im Rampenlicht zu stehen.

Zu den zentralen Figuren gehören weiterhin Suzune Horikita, eine ehrgeizige und intelligente Schülerin, die versucht, ihre Klasse an die Spitze zu führen, und Kikyō Kushida, die trotz ihrer freundlichen Fassade eine manipulativere Seite besitzt. Neue Charaktere wie Nanase Tsubasa und Hōsen Kazuomi treten in Erscheinung und bringen zusätzliche Dynamik in die bereits komplexen Beziehungen zwischen den Schülern. Die Interaktionen zwischen den Charakteren werden zunehmend von Misstrauen, Rivalität und versteckten Absichten geprägt, während sie versuchen, in der strengen Hierarchie der Schule zu bestehen.

Die Handlung vertieft sich in die psychologischen Aspekte der Charaktere und die moralischen Dilemmata, die sich aus dem Wettbewerb ergeben. Ayanokōjis Rolle als stiller Beobachter und Manipulator wird immer deutlicher, während er gleichzeitig versucht, seine eigene Vergangenheit und die Geheimnisse der Schule zu ergründen. Die Serie untersucht Themen wie Macht, Loyalität und die Natur des menschlichen Verhaltens in einem Umfeld, das Erfolg über alles stellt.