Die Manga-Serie ".hack//G.U.+" basiert auf der gleichnamigen Videospielreihe und spielt in der virtuellen MMORPG-Welt "The World R:2". Die Handlung konzentriert sich auf Haseo, einen erfahrenen Spieler, der als "Terror of Death" bekannt ist und sich auf die Jagd nach sogenannten Player Killern spezialisiert hat. Nachdem seine Freundin Shino von einem mysteriösen Spieler namens Tri-Edge angegriffen und in ein Koma gestürzt wird, beginnt Haseo eine obsessive Suche nach dem Täter, um Rache zu üben und Shino zu retten.

Im Verlauf der Geschichte wird Haseo in eine komplexe Verschwörung hineingezogen, die die Grenzen zwischen der virtuellen und der realen Welt verschwimmen lässt. Er trifft auf eine Gruppe von Spielern, die sich "G.U." (Growthers United) nennen und sich mit den Geheimnissen von "The World" befassen. Zusammen mit ihnen deckt Haseo die Existenz von "AIDA" auf, einer gefährlichen Malware, die Spieler angreift und ihre Daten korrumpiert. AIDA steht in Verbindung mit Tri-Edge, der als Avatar eines unbekannten Spielers agiert und eine zentrale Bedrohung darstellt.

Haseos Reise ist geprägt von persönlichem Wachstum und der Konfrontation mit seinen eigenen Ängsten und Fehlern. Er entwickelt sich von einem rücksichtslosen Rächer zu einem verantwortungsbewussten Anführer, der nicht nur Shino retten, sondern auch die Stabilität von "The World" bewahren will. Neben Haseo spielen Charaktere wie Atoli, ein freundliches und einfühlsames Mädchen, das Haseo unterstützt, und Ovan, ein rätselhafter Spieler mit eigenen dunklen Geheimnissen, eine wichtige Rolle.

Die Handlung verbindet Action, Drama und Mystery-Elemente, während sie die Auswirkungen von virtuellen Beziehungen und Identitäten auf die reale Welt erforscht. Die Serie thematisiert Themen wie Verlust, Schuld und die Suche nach Wahrheit in einer Welt, in der die Grenzen zwischen Realität und Fiktion zunehmend verschwimmen.