Die OVA "Aquarion" spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der die Menschheit nach einer verheerenden Katastrophe, bekannt als der "Große Fall", ums Überleben kämpft. Die Erde wurde durch mysteriöse Wesen, die sogenannten Schattenengel, verwüstet, die aus einer anderen Dimension stammen und die Menschheit bedrohen. Um sich gegen diese Bedrohung zu wehren, wurde die Organisation DEAVA gegründet, die über mächtige biomechanische Roboter, die Aquarion-Einheiten, verfügt. Diese Roboter werden von jungen Piloten gesteuert, die über besondere Fähigkeiten verfügen, darunter Elementarkräfte wie Feuer, Wasser oder Wind.

Die Handlung konzentriert sich auf Apollo, einen impulsiven und ungestümen jungen Mann, der in einer abgelegenen Region lebt und scheinbar keine Verbindung zur Welt von DEAVA hat. Als die Schattenengel erneut angreifen, wird Apollos verborgene Kraft entdeckt, und er wird rekrutiert, um DEAVA im Kampf gegen die Bedrohung zu unterstützen. Apollo zeigt eine einzigartige Fähigkeit, die Aquarion-Einheit zu steuern, insbesondere die legendäre Einheit "Aquarion Evol", die aus der Verschmelzung mehrerer Aquarion-Einheiten entsteht.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Apollo eine tiefe Verbindung zu den Schattenengeln hat, insbesondere zu einem mysteriösen Wesen namens Toma, der als Anführer der Schattenengel agiert. Toma scheint Apollo aus einer vergangenen Existenz zu kennen, und ihre Beziehung wird von Rivalität und ungelösten Konflikten geprägt. Parallel dazu entwickelt Apollo eine enge Bindung zu Silvia de Alisia, einer disziplinierten und starken Pilotin von DEAVA, die anfangs skeptisch gegenüber Apollos unkonventionellen Methoden ist.

Die Handlung erforscht Themen wie Schicksal, Wiedergeburt und die Verbindung zwischen Vergangenheit und Gegenwart. Es wird offenbart, dass Apollo und Toma in einer früheren Inkarnation eng miteinander verbunden waren und dass ihre gegenwärtigen Konflikte auf ungelöste Ereignisse aus dieser Zeit zurückzuführen sind. Die OVA kombiniert actionreiche Kampfszenen mit emotionalen Momenten, während die Charaktere mit ihren inneren Konflikten und ihrer Rolle im Kampf gegen die Schattenengel ringen.

Die Geschichte gipfelt in einem finalen Konflikt zwischen Apollo und Toma, bei dem die wahren Motive der Schattenengel und die Natur ihrer Bedrohung enthüllt werden. Die OVA endet mit einer Mischung aus Auflösung und offenen Fragen, die Raum für Interpretationen lassen und die komplexe Beziehung zwischen den Charakteren und ihrer gemeinsamen Geschichte betonen.