"Sword Art Online: Phantom Bullet (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Light-Novel-Arcs von Reki Kawahara und spielt in der virtuellen Realität des Spiels "Gun Gale Online" (GGO). Der Protagonist Kirito wird von der Regierung beauftragt, in GGO einzutauchen, um das Rätsel um den mysteriösen Spieler "Death Gun" zu lösen. Death Gun soll in der Lage sein, Spieler in der realen Welt zu töten, indem er sie im Spiel erschießt. Kirito, der normalerweise Schwertkämpfe bevorzugt, muss sich in der Welt der Schusswaffen zurechtfinden und sich an die neuen Spielmechaniken anpassen.

Im Verlauf der Handlung trifft Kirito auf Sinon, eine erfahrene Spielerin und Scharfschützin, die ihre eigenen traumatischen Erfahrungen aus der realen Welt mit sich trägt. Die beiden bilden eine ungewöhnliche Allianz, um Death Gun zu stellen und das Geheimnis hinter seinen Fähigkeiten zu lüften. Die Handlung erforscht Themen wie virtuelle Identität, die Auswirkungen von Trauma und die Grenzen zwischen Realität und Virtualität. Dabei wird die Beziehung zwischen Kirito und Sinon zunehmend komplex, da beide mit ihren inneren Konflikten und Ängsten konfrontiert werden.

Die Geschichte führt die Charaktere durch verschiedene Herausforderungen in GGO, darunter das "Bullet of Bullets"-Turnier, ein prestigeträchtiges Event, das Death Gun als Plattform für seine Machenschaften nutzt. Kirito und Sinon müssen nicht nur ihre Fähigkeiten im Spiel unter Beweis stellen, sondern auch die wahren Absichten von Death Gun aufdecken, bevor weitere Opfer fallen. Die Handlung verbindet actionreiche Sequenzen mit psychologischen Elementen, die die Tiefe der Charaktere und die moralischen Fragen der virtuellen Welt beleuchten.