"Mobile Suit Gundam SEED FREEDOM ZERO" ist ein Film, der in der "Gundam SEED"-Zeitlinie angesiedelt ist und die Konflikte zwischen den genetisch modifizierten Coordinators und den natürlichen Menschen, den Naturals, weiter vertieft. Die Handlung spielt in einer Zeit, in der die Spannungen zwischen den beiden Gruppen erneut eskalieren, nachdem ein fragiler Frieden durch politische Intrigen und militärische Provokationen gefährdet wird. Der Fokus liegt auf den Protagonisten Kira Yamato und Athrun Zala, die erneut in den Kampf gezogen werden, um ihre Ideale und die Zukunft der Menschheit zu verteidigen.

Kira Yamato, ein Coordinator und Pilot des fortschrittlichen Mobile Suits Freedom Gundam, steht im Mittelpunkt der Geschichte. Nach den Ereignissen des vorherigen Konflikts versucht er, ein friedliches Leben zu führen, wird jedoch durch die Bedrohung einer neuen feindlichen Organisation, die die Macht über die Erde und die Kolonien anstrebt, zurück in den Krieg gezwungen. Athrun Zala, ein ehemaliger Rivale und nun Verbündeter, unterstützt Kira bei der Bekämpfung dieser neuen Gefahr. Beide Charaktere sind mit inneren Konflikten konfrontiert, da sie ihre Vergangenheit und ihre Rolle in einem endlosen Krieg reflektieren.

Die antagonistische Kraft wird von einer mysteriösen Gruppe angeführt, die über fortschrittliche Technologie und Mobile Suits verfügt, die den bisherigen Modellen überlegen sind. Diese Gruppe nutzt die bestehenden Spannungen zwischen Coordinators und Naturals, um ihre eigenen machtpolitischen Ziele zu verfolgen. Der Film beleuchtet auch die politischen Machenschaften hinter den Kulissen, bei denen verschiedene Fraktionen versuchen, die Kontrolle über die Ressourcen und die Zukunft der Menschheit zu erlangen.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Kampfszenen, in denen die Mobile Suits im Mittelpunkt stehen, sowie von emotionalen Momenten, die die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen. Themen wie Identität, Vorurteile und die moralischen Dilemmata des Krieges werden durch die Handlung und die Charakterentwicklung aufgegriffen. Der Film baut auf den etablierten Elementen des "Gundam SEED"-Universums auf und bietet sowohl langjährigen Fans als auch neuen Zuschauern eine packende Geschichte, die die Komplexität des Konflikts zwischen Coordinators und Naturals weiter erforscht.