"Mobile Suit Gundam Moon Crisis in U.C.0099" spielt im Universal Century-Zeitalter, 99 Jahre nach dem Beginn des Gundam-Universums. Die Handlung konzentriert sich auf die politischen und militärischen Spannungen zwischen der Erde und den Kolonien im Weltraum, insbesondere auf den Mond. Nach dem Ende des Konflikts zwischen der Erde und den Raumkolonien in früheren Ereignissen des Universal Century hat sich eine fragile Balance etabliert, die jedoch durch neue Bedrohungen ins Wanken gerät.

Die Geschichte beginnt mit der Entdeckung einer geheimnisvollen Bedrohung, die vom Mond ausgeht. Eine Gruppe von Rebellen, die sich gegen die Vorherrschaft der Erde auflehnen, plant einen Angriff, um die Unabhängigkeit der Mondkolonien zu erzwingen. Gleichzeitig entwickelt die Erdregierung neue Mobile Suits, um ihre Macht zu festigen. Die Protagonisten, darunter junge Piloten und erfahrene Soldaten, werden in diesen Konflikt hineingezogen. Sie müssen nicht nur gegen die Rebellen kämpfen, sondern auch die wahren Absichten beider Seiten aufdecken.

Zu den Hauptfiguren gehört ein junger Pilot, der unfreiwillig in den Konflikt verwickelt wird und sich mit den moralischen Dilemmata des Krieges auseinandersetzen muss. Eine weitere Schlüsselfigur ist eine mysteriöse Frau, die Verbindungen zu beiden Seiten des Konflikts hat und deren Loyalitäten unklar bleiben. Ein erfahrener Kommandant der Erdstreitkräfte spielt ebenfalls eine zentrale Rolle, da er versucht, die Situation zu deeskalieren, während er gleichzeitig die Interessen der Erde schützt.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, technologischen Fortschritten im Bereich der Mobile Suits und den persönlichen Konflikten der Charaktere. Der Mond wird als Schauplatz für entscheidende Schlachten und geheime Operationen genutzt, was die strategische Bedeutung des Ortes unterstreicht. Die Geschichte thematisiert die Auswirkungen von Krieg und Machtkämpfen auf Individuen und Gesellschaften, wobei die Charaktere oft vor schwierige Entscheidungen gestellt werden, die ihre Loyalitäten und Überzeugungen auf die Probe stellen.