"Mobile Suit Gundam Side Story: The Blue Destiny (Manga)" spielt im Universal Century-Zeitalter und konzentriert sich auf die Ereignisse des One Year War zwischen der Erde und den Raumkolonien. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Yuu Kajima, einen Testpiloten der Earth Federation Forces, der in ein geheimes Projekt namens "EXAM" verwickelt wird. Dieses Projekt zielt darauf ab, eine fortschrittliche künstliche Intelligenz in Mobile Suits zu integrieren, um deren Kampffähigkeiten zu steigern. Yuu wird zum Piloten des RX-79BD-1 Blue Destiny, eines Prototyp-Mobile Suits, der mit der EXAM-Systemtechnologie ausgestattet ist.

Die EXAM-Technologie birgt jedoch ein dunkles Geheimnis: Sie basiert auf den Gehirnwellen einer Newtype-Pilotin namens Marion Welch, die während der Entwicklung des Systems verstarb. Ihre Persönlichkeit und Erinnerungen sind in das System integriert, was zu unvorhersehbaren und gefährlichen Reaktionen führt. Yuu muss nicht nur gegen die feindlichen Zeon-Kräfte kämpfen, sondern auch mit den Auswirkungen der EXAM-Technologie auf seinen Verstand und seine Fähigkeiten als Pilot.

Im Verlauf der Geschichte wird Yuu von Nimbus Schterzen, einem Zeon-Piloten, der ebenfalls an der Entwicklung des EXAM-Systems beteiligt war, konfrontiert. Nimbus strebt danach, das System für seine eigenen Zwecke zu nutzen, und wird zu Yuus Erzfeind. Die Handlung entwickelt sich zu einem intensiven Konflikt, bei dem Yuu nicht nur gegen äußere Feinde, sondern auch gegen die inneren Kämpfe mit der EXAM-Technologie und den Geistern der Vergangenheit ankämpfen muss.

Die Charaktere sind eng mit den technologischen und moralischen Dilemmata des Krieges verbunden. Yuu Kajima verkörpert den typischen Helden, der zwischen Pflicht und Menschlichkeit schwankt, während Nimbus Schterzen als Antagonist die dunkle Seite der technologischen Fortschritte und deren Missbrauch repräsentiert. Die Geschichte thematisiert die ethischen Fragen der Kriegsführung, die Auswirkungen von Technologie auf den menschlichen Geist und die persönlichen Opfer, die im Krieg gebracht werden.