"Gundam Build Divers Re:RISE Season 2" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Geschichte um die Protagonisten, die in der virtuellen Welt "Gunpla Battle Nexus Online" (GBN) kämpfen. Die zweite Staffel konzentriert sich stärker auf die Rettung des Planeten Eldora, der von den feindlichen Maschinenwesen, den "One Eyes", bedroht wird. Die Hauptcharaktere – Hiroto Kuga, Kazami, May und Par – bilden das Team "Build Divers" und schließen sich mit weiteren Spielern zusammen, um die reale Bedrohung zu bekämpfen, die über die virtuelle Welt hinausreicht.

Hiroto, der Anführer des Teams, steht im Mittelpunkt der Handlung, da er sich mit seiner Vergangenheit und den Fehlern auseinandersetzt, die er in früheren Abenteuern gemacht hat. Seine Entwicklung wird durch die Begegnung mit Ayame, einer Bewohnerin von Eldora, weiter vorangetrieben, die ihm hilft, seine Zweifel zu überwinden. Kazami, der zunächst egoistisch und auf seinen eigenen Ruhm bedacht war, wächst im Laufe der Staffel zu einem verantwortungsbewussten Teammitglied heran. May, eine mysteriöse Spielerin, deren wahre Identität im Verlauf der Serie enthüllt wird, spielt eine Schlüsselrolle bei der Rettung von Eldora. Par, ein junger und enthusiastischer Spieler, bringt Optimismus und Entschlossenheit in das Team.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als die "Build Divers" erfahren, dass die Bedrohung durch die "One Eyes" nicht nur auf Eldora beschränkt ist, sondern auch die reale Welt gefährdet. Die Charaktere müssen ihre Fähigkeiten und ihren Zusammenhalt unter Beweis stellen, um sowohl die virtuelle als auch die reale Welt zu schützen. Die Staffel endet mit einem epischen Finale, in dem das Team eine entscheidende Schlacht gegen die "One Eyes" führt und dabei sowohl persönliche als auch kollektive Herausforderungen überwindet. Die Serie verbindet Action, emotionale Tiefe und die typischen Elemente der "Gundam"-Franchise, während sie die Bedeutung von Freundschaft, Verantwortung und Wachstum betont.