"Mobile Suit Gundam: The Witch from Mercury - Prologue" ist ein TV-Special, das als Einführung in die Handlung der Serie "Mobile Suit Gundam: The Witch from Mercury" dient. Die Geschichte spielt in einer futuristischen Welt, in der die Menschheit den Weltraum kolonisiert hat und mobile Suits, große humanoide Kampfmaschinen, eine zentrale Rolle in Konflikten spielen. Der Prolog konzentriert sich auf die Vorgeschichte und die Entstehung des Prototyps Gundam Aerial, der später eine Schlüsselrolle in der Serie einnimmt.

Die Handlung beginnt mit der Entwicklung des Gundam Aerial durch die Firma Vanadis Institute, die fortschrittliche Technologien erforscht. Die Wissenschaftlerin Dr. Cardo Nabo und ihr Team arbeiten an der Implementierung des GUND-Format-Systems, das es Piloten ermöglicht, eine tiefe Verbindung zu ihren mobilen Suits herzustellen. Dieses System birgt jedoch Risiken, da es den Körper des Piloten stark belastet und zu schweren gesundheitlichen Schäden führen kann. Die Forschung wird von der mächtigen Benerit Group überwacht, die ein Interesse an der militärischen Nutzung der Technologie hat.

Die junge Elnora Samaya, eine talentierte Ingenieurin und Mutter der späteren Protagonistin Suletta Mercury, spielt eine zentrale Rolle in der Entwicklung des Gundam Aerial. Sie ist eng mit Dr. Cardo verbunden und unterstützt die Forschung, obwohl sie sich der Gefahren bewusst ist. Der Prolog zeigt auch die politischen und wirtschaftlichen Spannungen zwischen den verschiedenen Fraktionen, die um die Kontrolle über die GUND-Technologie konkurrieren. Diese Konflikte eskalieren, als die Benerit Group beschließt, das Vanadis Institute zu übernehmen und die Forschung für ihre eigenen Zwecke zu nutzen.

Die Ereignisse gipfeln in einem gewaltsamen Konflikt, bei dem das Vanadis Institute zerstört wird. Elnora und ihre Tochter Suletta überleben den Angriff, aber die Tragödie prägt ihr weiteres Schicksal. Der Prolog endet mit der Einführung des Gundam Aerial als einzigartiger und mächtiger mobile Suit, der das Potenzial hat, die Machtverhältnisse in der Welt zu verändern. Die Geschichte legt den Grundstein für die zentralen Themen der Serie, darunter die ethischen Fragen rund um fortschrittliche Technologien, die Auswirkungen von Krieg und die persönlichen Schicksale der Charaktere.