"Mobile Suit Gundam 00 the Movie: A Wakening of the Trailblazer" spielt zwei Jahre nach den Ereignissen der zweiten Staffel der Serie "Mobile Suit Gundam 00". Die Erde hat eine neue Ära des Friedens erreicht, nachdem die Kämpfe zwischen den Nationen durch die Intervention von Celestial Being beendet wurden. Die Menschheit hat begonnen, sich im Weltraum auszubreiten, und die Earth Sphere Federation wurde gegründet, um die globale Einheit zu stärken. Doch dieser scheinbare Frieden wird durch die Ankunft eines mysteriösen außerirdischen Objekts, bekannt als ELS (Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters), bedroht.

Die ELS sind eine außerirdische Lebensform, die sich durch Assimilation anderer Materie entwickelt und auf der Suche nach Verständigung mit der Menschheit ist. Allerdings führt ihre aggressive Art der Kommunikation zu Konflikten, da sie Schiffe und Menschen assimilieren, um zu lernen. Die Earth Sphere Federation reagiert mit militärischer Gewalt, doch ihre Waffen sind gegen die ELS weitgehend wirkungslos. Celestial Being, die Organisation, die für den Frieden auf der Erde gekämpft hat, wird erneut aktiviert, um die Bedrohung zu bekämpfen.

Die Gundam-Piloten Setsuna F. Seiei, Lockon Stratos (Lyle Dylandy), Allelujah Haptism und Tieria Erde spielen eine zentrale Rolle im Kampf gegen die ELS. Setsuna, der Protagonist, entwickelt im Laufe des Films eine tiefere Verbindung zu den ELS, da er als Innovator über einzigartige Fähigkeiten verfügt, die es ihm ermöglichen, mit ihnen zu kommunizieren. Seine Beziehung zu den ELS wird zu einem Schlüsselelement, um den Konflikt zu lösen.

Der Film thematisiert die Schwierigkeiten der Kommunikation zwischen verschiedenen Lebensformen und die Herausforderungen, die mit dem Verständnis des Unbekannten einhergehen. Die Handlung konzentriert sich auf die Bemühungen der Charaktere, eine friedliche Lösung zu finden, während sie gleichzeitig gegen die unmittelbare Bedrohung kämpfen. Der Höhepunkt des Films zeigt eine dramatische Konfrontation zwischen Celestial Being und den ELS, bei der Setsuna eine entscheidende Rolle spielt, um eine Brücke zwischen den beiden Spezies zu schlagen.

Die Charakterentwicklung steht im Mittelpunkt, insbesondere bei Setsuna, dessen Reise von einem Kämpfer zu einem Vermittler dargestellt wird. Die anderen Mitglieder von Celestial Being unterstützen ihn dabei, während sie ihre eigenen persönlichen Herausforderungen bewältigen. Der Film verbindet actionreiche Raumkämpfe mit philosophischen Fragen über die Natur der Kommunikation und die Zukunft der Menschheit im Weltraum.