"Pokémon: Mewtwo Returns" ist ein TV-Special, das als Fortsetzung des Films "Pokémon: Der Film – Mewtu gegen Mew" fungiert. Die Handlung spielt einige Zeit nach den Ereignissen des Films und konzentriert sich auf Mewtu, ein künstlich erschaffenes Pokémon, das sich nach seiner Flucht in ein abgelegenes Gebirge zurückgezogen hat. Dort hat Mewtu ein neues Zuhause für geklonte Pokémon geschaffen, um sie vor der Einmischung der Menschen zu schützen. Mewtu selbst ist von Schuldgefühlen geplagt, da es sich seiner künstlichen Herkunft bewusst ist und versucht, seinen Platz in der Welt zu finden.

Ash, Misty und Brock erfahren von Mewtus Versteck und machen sich auf den Weg, um es zu finden. Gleichzeitig wird Mewtu von einer Gruppe Wissenschaftler verfolgt, die es erneut für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen. Diese Wissenschaftler, angeführt von einem Mann namens Dr. Yung, planen, Mewtu zu fangen und seine Kräfte zu kontrollieren, um ihre eigenen Ziele zu erreichen. Mewtu wehrt sich gegen diese Bedrohung und versucht, seine geklonten Pokémon zu beschützen.

Im Laufe der Geschichte kommt es zu Konflikten zwischen Mewtu und den Wissenschaftlern, wobei Ash und seine Freunde versuchen, zu vermitteln. Ash zeigt erneut seine Fähigkeit, mit Pokémon zu kommunizieren und Verständnis für ihre Gefühle zu zeigen. Mewtu wird mit der Frage konfrontiert, ob es den Menschen vertrauen kann, insbesondere nach den Erfahrungen, die es in der Vergangenheit gemacht hat. Die Handlung thematisiert Themen wie Identität, Vertrauen und den Schutz der Schwachen.

Am Ende gelingt es Mewtu, die Bedrohung durch die Wissenschaftler abzuwehren, und es entscheidet sich, weiterhin in Abgeschiedenheit zu leben, um seine geklonten Pokémon zu schützen. Ash und seine Freunde respektieren Mewtus Entscheidung und verlassen das Gebirge, während Mewtu weiterhin über seine Existenz und seinen Platz in der Welt nachdenkt. Die Geschichte endet mit einem Gefühl der Hoffnung und der Möglichkeit eines friedlichen Zusammenlebens zwischen Menschen und Pokémon.