"Pokémon: Mega Evolution Special II" ist ein TV-Special, das die Handlung des ersten Mega Evolution Specials fortsetzt. Die Geschichte konzentriert sich auf Alain, einen erfahrenen Pokémon-Trainer und Forscher, der eng mit Professor Sycamore zusammenarbeitet. Alain ist auf der Suche nach stärkeren Mega-Evolutionen und reist durch die Region, um mächtige Pokémon zu finden und zu studieren. Sein Ziel ist es, die Geheimnisse der Mega-Entwicklung zu entschlüsseln und seine eigenen Fähigkeiten zu verbessern.

Während seiner Reise trifft Alain auf Ash Ketchum und seine Freunde, die ebenfalls an einem Pokémon-Turnier teilnehmen. Ash und Alain entwickeln eine freundschaftliche Rivalität, die durch gemeinsame Kämpfe und den Austausch von Strategien gestärkt wird. Alain nutzt sein Mega-Charizard, um gegen starke Gegner anzutreten, darunter auch legendäre Pokémon wie Rayquaza, das eine zentrale Rolle in der Handlung spielt.

Ein weiterer wichtiger Handlungsstrang befasst sich mit Team Flare, einer mysteriösen Organisation, die hinter den Mega-Steinen her ist, um ihre eigenen Ziele zu verfolgen. Alain gerät in Konflikt mit Team Flare, als er erkennt, dass ihre Absichten gefährlich und selbstsüchtig sind. Dies führt zu spannenden Konfrontationen und Kämpfen, bei denen Alain seine Loyalität zu seinen Pokémon und seinen Werten unter Beweis stellen muss.

Die Handlung verbindet Action, Charakterentwicklung und die Erkundung der Mega-Evolution, einem zentralen Thema der Pokémon-Welt. Alain wird als komplexer Charakter dargestellt, der sowohl Stärke als auch Zweifel zeigt, während Ash seine typische Entschlossenheit und seinen Kampfgeist beibehält. Das Special bietet eine Mischung aus intensiven Pokémon-Kämpfen und einer tiefergehenden Erzählung, die Fans der Serie anspricht.