Die Anime-Special "Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Time and Darkness" basiert auf den gleichnamigen Nintendo DS-Spielen und erzählt eine abgeschlossene Geschichte innerhalb des Pokémon-Universums. Die Handlung beginnt damit, dass ein Mensch in die Welt der Pokémon verwandelt wird und sich als Pokémon wiederfindet, ohne Erinnerungen an sein früheres Leben. In diesem Fall handelt es sich um ein Pikachu, das von einem Piplup gefunden wird. Piplup ist Mitglied eines Erkundungsteams, das sich auf die Erforschung von Dungeons und die Lösung von Rätseln spezialisiert hat.

Die beiden Pokémon beschließen, ein Team zu bilden und gemeinsam Abenteuer zu bestehen. Sie treten der Wigglytuff-Gilde bei, einer Organisation, die aus verschiedenen Pokémon besteht, die sich der Erforschung und Rettung verschrieben haben. Im Laufe der Geschichte wird das Team mit einer Reihe von Herausforderungen konfrontiert, darunter die Rettung von Pokémon in Not und die Bewältigung von Dungeons, die voller Gefahren und Rätsel sind.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Bedrohung durch die Zeit, die außer Kontrolle gerät. Die Welt steht vor einer Katastrophe, da die Zeit anfängt, sich zu verzerren und die Zukunft ungewiss wird. Das Team erfährt von einem legendären Pokémon namens Dialga, das die Zeit kontrolliert und anscheinend für die Störungen verantwortlich ist. Die Protagonisten machen sich auf den Weg, um Dialga zu finden und die Ursache der Zeitverzerrungen zu klären.

Während ihrer Reise treffen sie auf verschiedene Pokémon, darunter auch Gegner, die ihre Mission behindern. Ein wiederkehrender Antagonist ist Grovyle, ein mysteriöses Pokémon, das scheinbar böse Absichten verfolgt und eng mit den Zeitstörungen verbunden ist. Im Laufe der Geschichte wird jedoch deutlich, dass Grovyle nicht der wahre Feind ist, sondern versucht, die Welt zu retten. Die wahren Ursachen der Zeitverzerrungen liegen tiefer und sind mit der Vergangenheit und den Schicksalen der Charaktere verknüpft.

Die Handlung gipfelt in einer Konfrontation mit Dialga, bei der die Protagonisten die Wahrheit über die Zeitstörungen und ihre eigene Rolle in den Ereignissen erfahren. Es stellt sich heraus, dass die Zeitverzerrungen durch eine tiefere Bedrohung verursacht werden, die das Gleichgewicht der Welt gefährdet. Das Team muss schwierige Entscheidungen treffen und Opfer bringen, um die Welt zu retten und die Zeit wieder ins Gleichgewicht zu bringen.

Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, insbesondere Pikachu, das sich mit seiner neuen Identität als Pokémon auseinandersetzt und seine Rolle in der Welt findet. Piplup zeigt sich als loyaler und mutiger Partner, der trotz seiner anfänglichen Unsicherheiten wächst. Die Beziehung zwischen den beiden Pokémon bildet das emotionale Zentrum der Geschichte und trägt zur Tiefe der Handlung bei.

Insgesamt bietet die Special eine Mischung aus Abenteuer, Rätseln und emotionalen Momenten, die die Themen Freundschaft, Opferbereitschaft und die Suche nach der eigenen Identität behandelt. Die Handlung bleibt eng an den Spielen orientiert, bietet aber eine eigenständige Erzählung, die sowohl für Fans der Spiele als auch für neue Zuschauer zugänglich ist.