"Pokémon: Mega Evolution Special IV" ist ein TV-Special, das die Handlung der vorherigen Mega-Evolution-Specials fortsetzt. Der Fokus liegt auf Alain, einem erfahrenen Pokémon-Trainer und Forscher, der sich auf die Erforschung der Mega-Entwicklung spezialisiert hat. Alain wird von seinem Partner-Pokémon, dem Mega-Charizard X, begleitet, mit dem er eine starke Bindung teilt. Die Geschichte spielt in der Kalos-Region, wo Alain weiterhin nach den Geheimnissen der Mega-Entwicklung sucht und dabei auf verschiedene Herausforderungen stößt.

Ein zentraler Handlungsstrang dreht sich um die Team Flare, eine mysteriöse Organisation, die die Macht der Mega-Entwicklung für ihre eigenen Zwecke nutzen will. Alain gerät in Konflikt mit den Anführern der Gruppe, insbesondere mit Lysander, der eine gefährliche Agenda verfolgt. Lysander plant, die Energie der Mega-Entwicklung zu manipulieren, um eine neue Weltordnung zu schaffen, was eine Bedrohung für die gesamte Pokémon-Welt darstellt. Alain muss sich dieser Bedrohung stellen und gleichzeitig seine eigenen Ziele und Werte hinterfragen.

Während der Handlung trifft Alain auf andere Trainer, darunter auch Ash Ketchum, der ebenfalls in Kalos unterwegs ist. Die Begegnung zwischen Alain und Ash führt zu einem freundschaftlichen Wettkampf, der ihre Fähigkeiten und die Stärke ihrer Pokémon testet. Dieser Kampf dient nicht nur als Höhepunkt der Handlung, sondern zeigt auch die unterschiedlichen Herangehensweisen der beiden Trainer an das Pokémon-Training.

Der Plot wird durch die Entwicklung von Alains Charakter vorangetrieben, der sich mit Fragen der Verantwortung und der wahren Bedeutung von Stärke auseinandersetzt. Die Handlung betont die Bedeutung von Freundschaft, Vertrauen und Respekt zwischen Trainern und ihren Pokémon, während sie gleichzeitig die Gefahren von Machtmissbrauch und Manipulation aufzeigt. Das Special endet mit einem offenen Ausblick auf die weitere Entwicklung der Charaktere und die anhaltende Bedrohung durch Team Flare.