"Mobile Suit Gundam Seed Special Edition" ist eine komprimierte Fassung der ursprünglichen 50-teiligen Anime-Serie "Mobile Suit Gundam Seed", die in drei längeren Episoden präsentiert wird. Die Handlung spielt in einer fernen Zukunft, in der die Menschheit in zwei Gruppen gespalten ist: die genetisch modifizierten "Coordinators" und die natürlichen Menschen, bekannt als "Naturals". Der Konflikt zwischen diesen beiden Gruppen eskaliert in einem Krieg zwischen der Erde, vertreten durch die Erdallianz, und den Coordinators, die in den Raumkolonien von ZAFT leben.

Die Geschichte beginnt mit dem Angriff von ZAFT auf die neutralen Kolonien Heliopolis, wo die Erdallianz heimlich fortschrittliche Mobile Suits, die Gundams, entwickelt. Kira Yamato, ein junger Coordinator und Schüler, wird ungewollt in den Konflikt hineingezogen, als er den Prototypen des Gundam Strike steuert, um seine Freunde zu schützen. Unter ihnen befindet sich auch Athrun Zala, ein enger Freund aus Kindertagen, der jedoch auf der Seite von ZAFT kämpft. Diese Situation zwingt Kira, sich zwischen Loyalität zu seinen Freunden und seiner eigenen Identität als Coordinator zu entscheiden.

Während des Krieges schließt sich Kira dem Raumschiff Archangel an, einem Schiff der Erdallianz, das von Offizieren wie Murrue Ramius und Mu La Flaga befehligt wird. An Bord befinden sich auch Zivilisten wie Flay Allster, die durch den Konflikt traumatisiert wurden. Kira entwickelt sich vom unwilligen Soldaten zum erfahrenen Piloten, während er gleichzeitig mit den moralischen Dilemmata des Krieges und seiner eigenen Rolle darin kämpft. Seine Begegnungen mit Athrun, der ebenfalls ein Gundam-Pilot von ZAFT ist, verdeutlichen die persönlichen und emotionalen Konflikte, die durch den Krieg entstehen.

Die Handlung vertieft sich in Themen wie genetische Manipulation, die Ethik des Krieges und die Auswirkungen von Konflikten auf Individuen und Gesellschaft. Die Charaktere werden durch ihre Entscheidungen und Beziehungen weiterentwickelt, wobei insbesondere die Freundschaft und Rivalität zwischen Kira und Athrun im Mittelpunkt steht. Der Krieg eskaliert weiter, als beide Seiten versuchen, ihre Ziele durch militärische Überlegenheit zu erreichen, was zu verheerenden Konsequenzen führt.

Die Special Edition fasst die wichtigsten Handlungsstränge der Serie zusammen, behält jedoch die zentralen Konflikte und Charakterentwicklungen bei. Sie bietet einen umfassenden Überblick über die komplexe Erzählung von "Mobile Suit Gundam Seed", die sowohl politische als auch persönliche Dimensionen des Krieges beleuchtet.