"Pokémon Origins" ist ein TV-Special, das sich eng an die Handlung der originalen Pokémon-Rot- und -Blau-Spiele orientiert. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Rot, einen jungen Trainer aus der Region Kanto, der sich aufmacht, um alle Pokémon zu erforschen und ein Pokémon-Meister zu werden. Sein Weg beginnt, als er von Professor Eich ein Starter-Pokémon erhält: Glumanda, Schiggy oder Bisasam. Rot entscheidet sich für Glumanda und begibt sich auf eine Reise durch die Region, um Pokémon zu fangen, zu trainieren und gegen andere Trainer anzutreten.

Während seiner Reise trifft Rot auf seinen Rivalen Blau, der ebenfalls ein Pokémon von Professor Eich erhalten hat. Blau ist ein selbstbewusster und oft arroganter Trainer, der Rot immer wieder herausfordert und ihn dazu antreibt, stärker zu werden. Rot sammelt im Laufe seiner Reise alle acht Orden der Arenaleiter von Kanto und besiegt schließlich die Top Vier der Pokémon-Liga, um den Titel des Pokémon-Meisters zu erlangen.

Ein zentraler Konflikt der Handlung ist die Auseinandersetzung mit dem Team Rocket, einer kriminellen Organisation, die Pokémon für ihre eigenen Zwecke missbraucht. Rot begegnet dem Anführer des Team Rocket, Giovanni, mehrfach und besiegt ihn schließlich in einem entscheidenden Kampf. Dabei wird auch die mysteriöse Macht von Mewtu, einem legendären Pokémon, thematisiert, das von Team Rocket kontrolliert wird. Rot gelingt es, Mewtu zu besiegen und es vor weiteren Missbrauch zu bewahren.

Die Charakterentwicklung von Rot steht im Mittelpunkt der Handlung. Er beginnt als unerfahrener Trainer, wächst jedoch durch seine Begegnungen und Kämpfe zu einem fähigen und respektierten Pokémon-Meister heran. Blau dient als Kontrastfigur, deren Entwicklung von Arroganz zu Respekt gegenüber Rot verläuft. Professor Eich und andere Nebenfiguren, wie die Arenaleiter und Mitglieder des Team Rocket, tragen zur Handlung bei, ohne jedoch die Hauptrolle zu übernehmen.

Das Special endet mit Rots Sieg über die Top Vier und seiner Krönung zum Pokémon-Meister. Es wird jedoch auch angedeutet, dass seine Reise als Trainer noch lange nicht abgeschlossen ist, da die Welt der Pokémon voller Geheimnisse und Herausforderungen bleibt.