In "Pokémon 2000 – Der Film" geht es um eine Prophezeiung, die besagt, dass die Welt ins Chaos gestürzt wird, wenn das Gleichgewicht zwischen den drei legendären Vögeln Moltres, Zapdos und Articuno gestört wird. Der böse Sammler Lawrence III versucht, diese legendären Pokémon zu fangen, um die Macht über die Elemente zu erlangen. Dabei entfesselt er eine Kette von Naturkatastrophen, die die Welt bedrohen.

Ash Ketchum, der Protagonist, wird von einer alten Legende als "Auserwählter" bezeichnet, der das Gleichgewicht wiederherstellen kann. Zusammen mit seinen Freunden Misty und Brock sowie seinem Pikachu begibt er sich auf eine gefährliche Reise, um die legendären Pokémon zu finden und die Welt zu retten. Ash muss dabei nicht nur gegen die Kräfte der Natur kämpfen, sondern auch gegen Lawrence III, der weiterhin versucht, die legendären Vögel zu kontrollieren.

Im Verlauf der Geschichte wird Ash mit Lugia, einem weiteren legendären Pokémon, konfrontiert, das als Wächter der Meere gilt. Lugia spielt eine Schlüsselrolle bei der Wiederherstellung des Gleichgewichts. Ash gelingt es schließlich, die drei legendären Vögel zu beruhigen und das Gleichgewicht wiederherzustellen, wodurch die drohende Katastrophe abgewendet wird.

Die Handlung ist geprägt von Action, Abenteuer und den typischen Pokémon-Themen wie Freundschaft und Mut. Ashs Entschlossenheit und sein Einsatz für das Wohl der Welt stehen im Mittelpunkt der Geschichte, während die legendären Pokémon eine zentrale Rolle im Konflikt und dessen Lösung spielen.