"Pokémon 3D Adventure 2: Pikachu no Kaitei Daibōken" ist ein Kurzfilm, der im Pokémon-Universum spielt und sich auf Pikachu und seine Freunde konzentriert. Die Handlung beginnt damit, dass Pikachu, Togepi und ein paar weitere Pokémon am Strand spielen. Plötzlich wird Togepi von einer Welle ins Meer gezogen. Pikachu und die anderen Pokémon springen sofort ins Wasser, um Togepi zu retten. Dabei werden sie jedoch von einer starken Strömung erfasst und in die Tiefe gezogen.

In der Unterwasserwelt treffen sie auf eine Gruppe von Wasser-Pokémon, darunter ein freundliches Lapras, das ihnen hilft, sich in der fremden Umgebung zurechtzufinden. Die Pokémon entdecken eine geheimnisvolle versunkene Stadt, die von einer antiken Zivilisation erbaut wurde. In dieser Stadt stoßen sie auf ein legendäres Pokémon namens Lugia, das die Ruinen bewacht. Lugia ist zunächst misstrauisch gegenüber den Eindringlingen, erkennt jedoch bald, dass Pikachu und seine Freunde keine bösen Absichten haben.

Während sie die Stadt erkunden, geraten die Pokémon in einen Konflikt mit einem Team von bösartigen Pokémon, die die Ruinen für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen. Pikachu und seine Freunde müssen zusammenarbeiten, um die bösen Pokémon aufzuhalten und die Stadt zu schützen. Dabei lernen sie, wie wichtig Freundschaft und Zusammenarbeit sind. Mit der Hilfe von Lugia gelingt es ihnen schließlich, die Bedrohung abzuwehren und die Ruinen zu bewahren.

Am Ende des Abenteuers kehren Pikachu, Togepi und die anderen Pokémon sicher an die Oberfläche zurück, wo sie von ihren menschlichen Freunden freudig empfangen werden. Der Film endet mit einer friedlichen Szene am Strand, in der die Pokémon ihre Erlebnisse reflektieren und sich auf weitere Abenteuer freuen.