"Pokémon: Jirachi Wish Maker" ist der sechste Kinofilm der Pokémon-Reihe und spielt während der sechsten Staffel der Anime-Serie. Der Film beginnt mit der Ankunft der Millennium-Kometen, die alle tausend Jahre am Himmel erscheint und mit der Erfüllung von Wünschen in Verbindung gebracht wird. Während dieser Zeit erwacht das mystische Pokémon Jirachi aus seinem tausendjährigen Schlaf. Jirachi besitzt die Fähigkeit, Wünsche zu erfüllen, jedoch nur für eine begrenzte Zeit, bevor es wieder in einen tiefen Schlaf fällt.

Ash, Pikachu und ihre Freunde treffen auf Jirachi, als sie auf ihrer Reise durch die Hoenn-Region auf den Magier Butler und seine Assistentin Diane stoßen. Butler, ein ehemaliger Team-Magma-Wissenschaftler, hat ein besonderes Interesse an Jirachi, da er glaubt, dass seine Kräfte genutzt werden können, um das legendäre Pokémon Groudon zu beschwören. Seine Motive sind jedoch nicht rein wissenschaftlich, sondern von persönlichem Ehrgeiz getrieben.

Während Ash und seine Freunde versuchen, Jirachi zu beschützen, entwickelt sich eine enge Freundschaft zwischen dem Pokémon und Max, Ashs jüngerem Begleiter. Jirachi zeigt eine kindliche Neugier und Unschuld, die es Max besonders ans Herz wachsen lässt. Die Gruppe wird jedoch bald von Butler und seinem Plan bedroht, Jirachis Kräfte für seine eigenen Zwecke zu missbrauchen. Dabei kommt es zu einer gefährlichen Konfrontation, bei der Jirachis Fähigkeiten außer Kontrolle geraten und eine Bedrohung für die Umgebung darstellen.

Der Film thematisiert die Bedeutung von Freundschaft, Verantwortung und den verantwortungsvollen Umgang mit Macht. Ash und seine Freunde müssen nicht nur Jirachi vor Butlers Plänen retten, sondern auch sicherstellen, dass die Kräfte des Pokémon nicht ungewollt Schaden anrichten. Am Ende gelingt es ihnen, Butler zu überzeugen, seine Pläne aufzugeben, und Jirachi kehrt in seinen tausendjährigen Schlaf zurück, nachdem es seine Zeit in der Welt verbracht und wertvolle Erinnerungen gesammelt hat.