"Pocket Monster Crystal: Raikou Ikazuchi no Densetsu" ist ein TV-Special, das in der Pokémon-Welt spielt und sich auf die legendäre Kreatur Raikou konzentriert. Die Handlung dreht sich um Marina, eine junge Trainerin, die in einem kleinen Dorf lebt und davon träumt, eine Pokémon-Meisterin zu werden. Sie ist besonders fasziniert von den Legenden um Raikou, einem mächtigen elektrischen Legendären Pokémon, das in der Region Johto verehrt wird. Marina hat eine enge Bindung zu ihrem Eevee, das sie auf ihren Abenteuern begleitet.

Eines Tages wird das Dorf von einem mysteriösen Pokémon namens Entei bedroht, das scheinbar zerstörerische Absichten hat. Marina und ihr Freund Jimmy, ein Trainer mit einem Suicune, beschließen, die Bedrohung zu untersuchen. Dabei stoßen sie auf Raikou, das in einem Kampf gegen Entei verwickelt ist. Es stellt sich heraus, dass Entei nicht aus eigenem Antrieb handelt, sondern von einem bösartigen Wissenschaftler namens Professor Sebastian manipuliert wird, der die Macht der legendären Pokémon für seine eigenen Zwecke nutzen will.

Marina und Jimmy arbeiten zusammen, um Raikou zu helfen und die Pläne von Professor Sebastian zu vereiteln. Dabei lernen sie mehr über die Verbindung zwischen den drei legendären Pokémon Raikou, Entei und Suicune, die als die Legendären Bestien bekannt sind. Die Geschichte betont Themen wie Mut, Freundschaft und den Respekt vor der Natur, während Marina und Jimmy versuchen, das Gleichgewicht in der Pokémon-Welt wiederherzustellen. Am Ende gelingt es ihnen, Raikou zu befreien und die Bedrohung durch Professor Sebastian zu beenden, wodurch das Dorf und die umliegende Region gerettet werden.