"Mobile Suit Gundam: Almarya" ist eine Manga-Serie, die im Universum der Gundam-Franchise angesiedelt ist. Die Handlung spielt in einer alternativen Zeitlinie und konzentriert sich auf die Konflikte zwischen verschiedenen Fraktionen in einer von Krieg und politischen Intrigen geprägten Welt. Im Mittelpunkt steht die junge Protagonistin Almarya Armitage, eine talentierte Mobile Suit-Pilotin, die in den Kampf zwischen der Erde und den Kolonien im All hineingezogen wird.

Die Geschichte beginnt mit Almarya, die auf einer abgelegenen Kolonie lebt und sich nach einem friedlichen Leben sehnt. Doch ihre Welt wird erschüttert, als ihre Heimatkolonie von einer mysteriösen Organisation angegriffen wird. Dabei wird sie gezwungen, einen experimentellen Mobile Suit zu steuern, der als "Gundam Almarya" bekannt ist. Dieser Mobile Suit verfügt über fortschrittliche Technologie und spielt eine Schlüsselrolle im weiteren Verlauf der Handlung.

Im Laufe der Serie schließt sich Almarya einer Widerstandsgruppe an, die gegen die Unterdrückung durch die Erdregierung und deren Verbündete kämpft. Dabei trifft sie auf eine Reihe von Charakteren, darunter den charismatischen Anführer der Gruppe, Kael Vist, und den rätselhaften Techniker Ryner Solis, der für die Wartung und Verbesserung des Gundam Almarya verantwortlich ist. Die Beziehungen zwischen den Charakteren entwickeln sich im Kontext des Krieges, wobei Loyalitäten und Motive immer wieder auf die Probe gestellt werden.

Die Handlung wird durch politische Intrigen, militärische Strategien und persönliche Konflikte vorangetrieben. Almarya muss nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Zweifeln und Ängsten umgehen. Die Serie thematisiert dabei Fragen von Identität, Verantwortung und den Preis des Krieges. Die Kämpfe zwischen den Mobile Suits sind ein zentrales Element, wobei die technischen Details und taktischen Manöver detailliert dargestellt werden.

Im weiteren Verlauf der Serie wird enthüllt, dass der Gundam Almarya Teil eines größeren Geheimnisses ist, das die Machtbalance im Universum verändern könnte. Almarya und ihre Verbündeten müssen sich gegen übermächtige Gegner behaupten, während sie gleichzeitig versuchen, die Wahrheit hinter den Angriffen auf ihre Heimatkolonie aufzudecken. Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, der das Schicksal aller Beteiligten entscheidet.