"Mobile Suit Gundam 0080: War in the Pocket" ist eine Manga-Adaption der gleichnamigen OVA-Serie aus dem Gundam-Universum. Die Handlung spielt während des One Year War zwischen der Erde und den Raumkolonien, konzentriert sich jedoch auf die Auswirkungen des Konflikts auf das Leben einfacher Menschen, insbesondere in der neutralen Kolonie Side 6.

Die Geschichte beginnt mit Alfred Izuruha, einem jungen Schüler, der in Side 6 lebt und sich für mobile Suits und den Krieg begeistert. Sein Alltag ändert sich, als er auf Bernard Wiseman, einen jungen Pilotensoldaten der Zeon-Streitkräfte, trifft. Bernard ist Teil einer Spezialeinheit, die den Prototyp des Gundam RX-78NT-1 zerstören soll, der in Side 6 entwickelt wird. Alfred entwickelt eine Freundschaft zu Bernard und wird unwissentlich in die militärischen Operationen hineingezogen.

Während der Handlung wird die Beziehung zwischen Alfred und seiner Freundin Christina Mackenzie, einer Testpilotin für den Gundam, vertieft. Christina ist sich der Gefahren des Krieges bewusst, versucht jedoch, Alfred vor den grausamen Realitäten zu schützen. Gleichzeitig wird Bernard zunehmend von den moralischen Dilemmata des Krieges geplagt, insbesondere als er erkennt, dass seine Mission unschuldige Zivilisten gefährdet.

Die Spannung steigt, als die Zeon-Streitkräfte einen Angriff auf Side 6 starten, um den Gundam zu zerstören. Bernard führt einen verzweifelten Angriff durch, der in einem tragischen Finale gipfelt. Alfred wird Zeuge der Zerstörung und des Leids, das der Krieg mit sich bringt, und muss mit den emotionalen Folgen seiner Naivität und der Freundschaft zu Bernard umgehen.

Die Handlung betont die menschlichen Kosten des Krieges und zeigt, wie selbst neutrale Gebiete und unbeteiligte Zivilisten von den Konflikten betroffen sind. Die Charaktere, insbesondere Alfred, durchlaufen eine Entwicklung, die von kindlicher Begeisterung zu einer ernüchternden Erkenntnis über die Realität des Krieges führt. Die Geschichte endet mit einem melancholischen Blick auf die Folgen des Konflikts und die verlorene Unschuld der Beteiligten.