"Mobile Suit Zeta Gundam (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Anime-Serie und spielt im Universal Century-Zeitalter, sieben Jahre nach den Ereignissen des One Year War. Die Handlung konzentriert sich auf Kamille Bidan, einen jungen, impulsiven Mechaniker und Piloten, der in einer von politischen Spannungen und militärischen Konflikten geprägten Welt lebt. Kamille wird versehentlich in den Konflikt zwischen der Erde und den Raumkolonien hineingezogen, als er sich der Anti-Erde-Union-Gruppe (AEUG) anschließt, einer Widerstandsbewegung gegen die tyrannische Erde-Föderation und ihre paramilitärische Einheit, die Titans.

Die Titans, eine Eliteeinheit der Erde-Föderation, setzen brutale Methoden ein, um Aufstände in den Raumkolonien zu unterdrücken, was zu wachsender Unzufriedenheit und Widerstand führt. Kamille, der zunächst von persönlichen Rachegefühlen gegenüber den Titans getrieben wird, entwickelt sich im Laufe der Geschichte zu einem fähigen und entschlossenen Piloten. Er steuert den fortschrittlichen Mobile Suit Zeta Gundam, der zu einem Symbol des Widerstands wird.

Zu den zentralen Figuren gehören neben Kamille Char Aznable, ein ehemaliger Soldat aus dem One Year War, der unter dem Pseudonym Quattro Bajeena für die AEUG kämpft, und Emma Sheen, eine talentierte Pilotin, die sich ebenfalls der AEUG anschließt. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und oft von Konflikten geprägt, insbesondere zwischen Kamille und seinen Vorgesetzten, die seine Impulsivität und emotionale Instabilität kritisieren.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, militärischen Strategien und persönlichen Tragödien. Der Konflikt zwischen der AEUG und den Titans eskaliert, während gleichzeitig die Spannungen zwischen den Raumkolonien und der Erde zunehmen. Themen wie die moralischen Dilemmata des Krieges, die Auswirkungen von Machtmissbrauch und die Suche nach Identität und Gerechtigkeit werden durch die Charaktere und ihre Entwicklungen erforscht.

Die Geschichte erreicht ihren Höhepunkt in einer Reihe von entscheidenden Schlachten, die das Schicksal der beteiligten Fraktionen und der gesamten Menschheit bestimmen. Kamille spielt dabei eine zentrale Rolle, muss jedoch hohe persönliche Kosten tragen, während er versucht, seine Ideale in einer von Konflikten zerrissenen Welt zu bewahren.